لجنة التدقيق هي إحدى اللجان المنبثقة عن المجلس الإداري للوكالة، تتولى مهمة الإشراف على إجراءات إعداد التقارير المالية، تتبع مدى احترام الضوابط القانونية والتنظيمية، ومناقشة الأمور المتعلقة بترشيح المدققين الخارجيين والتأكد من استيفائهم للشروط وعدم وجود ما يؤثر على استقلاليتهم.

علاوة على ذلك، تقدم هذه اللجنة المشورة للمجلس الإداري حول الرقابة الداخلية، نوعية الحسابات، الأداءات، بالإضافة إلى كل ما يتعلق بالنظام المعلوماتي وسير الجهة الخاضعة للتدقيق.

للجنة الحق، في إطار تنفيذ مهمتها، في اللجوء إلى فتح أي تحقيق، استنطاق أي طرف وطلب التوصل بأية وثيقة أو معلومة تعتبرها ضرورية.

تتكون لجنة التدقيق، بالإضافة إلى الرئيس ومراقب دولة، من عضوين إداريين إلى أربعة أعضاء، ويتم تعيينهم من خارج الإدارة التنفيدية.

يتم اختيار أعضاء لجنة التدقيق بناء على مؤهلاتهم وكفاءاتهم في ميادين المالية والمحاسبة.

يتم ترشيح رئيس لجنة التدقيق من طرف وزارة المالية.

يشارك إلى جانب أعضاء اللجنة، 3 ضيوف في كل الاجتماعات، بمن فيهم مدير الوكالة، رئيس المصلحة الادارية والمالية ورئيس مصلحة التدقيق الداخلي.

يحضر مفتشو الحسابات والمدققون الخارجيون أيضا أشغال اجتماعات اللجنة.

تتطابق مدة ولاية أعضاء اللجنة مع مدة ولايتهم كمدراء.